Vypracování auditní zprávy provádí certifikovaní interní auditoři ve veřejné správě, kteří provedou kontrolu uveřejněných smluv v ISRS, dále dle individuální dohody provedou kontrolu interních dokladů vztahujících se k registru smluv.
U uveřejněných smluv je provedena kontrola řádného plnění dle zákona č. 340/2015 Sb., o registru smluv, ve znění všech pozdějších předpisů tzv. kategorizace rizik, která určí, zda uveřejněná data obsahují nesrovnalosti, která mohou mít dopad na platnost smlouvy a následnou povinnost vrátit plnění, což může mít finanční dopad na veřejnou instituci či veřejnoprávní korporaci.
U smluv s identifikovaným rizikem provedou auditoři vyhodnocení a podají doporučení k nápravě.